В миналото град Шабла е бил територия, на която е съществувало древно тракийско селище, а по-късно и римски град, наречен Кария. На територията на Шабла се намира най-старият морски фар на Балканския полуостров, а според някои сведения и в Европа. Около фара на Шабла има множество сондажи за нефт, от които тече топла минерална вода с високо съдържание на сяра.

Топонимът Шабла се появява за пръв път в официален писмен документ от 1573 г. и за разлика от много други селищни наименования не е променен и до сега. Според една от легендите името произлиза от тракийското или латинското саблум, сабула. “С” от началото на думата преминава в “Ш”. На латински това наименование означава пясъци.

Възникнало като чисто турско селище, през ХVІ век в средата на ХІХ век, то е най - голямото българско село в района с кмет - българин.

С българския облик на селото се обяснява и дейното му участие в борбите за самостоятелна българска църква, просвета и национална свобода. Първата българска черква в селото е построена през 1853 година заедно с килийно училище

След освобождението на България през 1878 година Шабла става общински център. Букурещкия договор (1913), последвал края на Междусъюзническата война, откъсва Южна Добруджа от България и цялата община Шабла става част от Румъния. Връща се в пределите на България през 1940 година. През същата година в общината са настанени хиляди преселници от Северна Добруджа.

На 27 август 1969 година Шабла е обявен за град.